城中不肯投降的官军仅仅抵抗了不久，便宣告失败，漫说是那些东江旧部和辽东人了，就算是许多本地的山东兵还有本地人，为了活命，也不得不放低姿态投靠了叛军。
总兵张可大眼看城池失守，当即杀了自己的妻妾，然后在城中的家中自缢身亡，算是为大明尽了忠。
但是孙元化却最终还是落在了孔有德和叛军之手，原因也正是于孝天预料的那样，他受到天主教的教义所困，一时间不好作出决定，到底是该自杀以表忠心还是按照教义不自杀。
也就是犹豫之间，叛军已经攻入了他的巡抚衙门之中，迅速的将他的家丁和家仆杀的杀，抓的抓，并且控制住了孙元化，同时还抓住了不少当地的官员。
孔有德和李九成一方面也算是念在孙元化往日待他们不错的面子上，一方面也因为并不想把事情闹到太僵的地步，毕竟孙元化乃是一个巡抚，杀掉孙元化，就等于彻底把事情闹到了无法收场的地步，也绝了他们今后可能被招安的后路。
如果他们杀了孙元化的话，就算是他们以后接受朝廷招安，但是弑杀朝廷重臣这个罪名，他们还是承担不起，朝廷可以免去他们手下的罪责，但是绝不会放过他们。
故此虽然他们抓住了孙元化，但是却并未杀掉孙元化，而是对孙元化等官员还算是善待，并且试图劝说孙元化也投了他们，他们愿意扶孙元化为王，利用孙元化的声望，在登州先立起一国，作为跟朝廷谈判的本钱。
可是孙元化到底还算是相当有骨气的，虽然李九成对其威逼利诱，可是他并未答应李九成和孔有德的提议，坚辞不授，并且怒斥李九成，想要让李九成杀了他。
可是李九成虽然很是愤怒，可是也没敢就此杀掉孙元化，只能先把孙元化关在城中，善加对待。
而这次叛军攻下登州城，除了收编了登州城内过万的官军之外，还获得了红夷大炮二十多门，包括那些弗朗机炮术教习也被抓了几个，另外还有各种轻型火炮旧式火炮二百余门，起获城中原来作为军饷的白银十几万两，加之城中抄没出来的资财，还有几十万两，战马三千多匹，兵粮数万石，一下就彻底抖了起来，并且拥有了一个坚固的大城，可以作为他们的据点和基地。
除此之外，他们也占领了登州水城，因为海上冰封，登州水师的百多条战船都被困在岸边，三千多水军，也逃的逃，投敌的投敌，整个登州水师，也都成了叛军的囊中之物。
当然这些登州水师的战船，自然是没法和南方水师的战船相媲美的，这边的战船多是一些小船，就算是最大的战船，充其量也不过只有两百料左右，还是那种吃水浅的沙船，即便如此，这样的大船也没几条，多是一些仅能装载几十个人的小型战船。
可是即便如此，这样一支水师力量在渤海湾之中也不容小觑，建奴鞑子几乎没有战船可言，而东江镇那边战船不少，可是孔有德和李九成叛乱之后，马上便联络了东江镇那边以前毛文龙手下的旧部。
其中东江镇旅顺副将陈有时，广鹿岛总兵毛承禄等人纷纷响应，想要和孔有德李九成叛军南北呼应，自立一国，拥兵自重。
一时间整个东江镇那边，也乱成了一窝蜂，东江镇那边的叛军数量，也发展到了七八千人之多，几乎控制了半个东江镇还多，双方约定，只要开春海上的海冰融化之后，他们便准备合兵一处，共举大业。
所以一时间孔有德的叛军势力达到了巅峰，坐镇登州城之中，自称为都元帅，并且大肆给手下的军将封官，光是总兵官就拔擢了十几个。
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