大门大、托马H诺尔修坦、藤枝淑乃、野口郁人、大门知香、白川恵、黑崎美树、汤岛浩以及萨摩廉太郎等DATS成员，为了维护现实世界的秩序，打败误入现实世界的数码宝贝将其数码蛋化后送回数码世界，但数码宝贝与人类的关系由于种种原因变得十分紧张，加上由于一些人频繁穿梭空间导致的空间不稳定，以致数码世界的数据终端处理器伊古德拉希尔对人类下达了灭亡指令，大门大等人与在数码世界长大的少年郁人最终打败并说服了皇家骑士们与伊古德拉希尔，拯救了两个世界。

　　第五代相对于前四代人物制作更加美型，也更偏向科幻化了，同样出现的亚古兽有了更强的力量。