咕妞妞则是麦克照顾的一堆宝可梦里很有特点的一个，很喜欢别人摸它，小胜想让咕妞妞吃宝可方块时，咕妞妞大哭，小胜在安慰它时发现了咕妞妞很爱撒娇；幼生的宝可梦就是这样，很多时候和人类幼崽一个德性，而且它们中的很多一部分还有天然优势。
小智这边，他自己透露又把长尾怪手召回到了队伍中，并把煤炭龟传送到了大木研究所；煤炭龟又一次被“嫌弃”了，它其实已经在不断努力了，但天赋限制了很多东西，对于小智来说，连续两次的失败是极其少见的，为此手上的宝可梦也需要更多的轮换。
为了取得最后的英勇象征，小智将妙蛙种子、杰尼龟和喷火龙召集回了自己身边，并同它们一起去山上修行，夜晚，小智回忆起自己与它们的相遇和过往，不由感慨万千。火箭队见到了几位老成员，也决心回归初衷，全力捕获皮卡丘，只可惜他们这次还是失败了；创意依旧很不错，但最后都是“大餐”，前面是伪装的拉面摊，小智下意识的怀疑，但是依然会上当；之后的是一个高级金属覆盖的热气球，喷火龙、杰尼龟和妙蛙种子的单打独斗都是无能为力，这个时候小智已经可以顺理成章的使用交替攻势，一举击破，今天的大餐是“老味道”的“四重奏”，不过好像火箭队这次还挺“开心”的，还有心气吃拉面。
一开始的杰尼龟很调皮，常常带领杰尼龟军团到处搞恶作剧，加入小智的队伍后，它成为了小智可靠的伙伴，杰尼龟非常喜欢耍酷，随身携带着墨镜，并会在关键时候戴上。有时候杰尼龟还是很喜欢吓人，有时候小智一行人出现安危时，杰尼龟会故意吓其他宝可梦，说他们“可能是被怪兽吃了”。作为杰尼龟军团的头领，它善于激发伙伴们的能力。在君莎小姐带领杰尼龟的伙伴们参加宝可梦消防竞赛时，它们表现不尽如人意，在热身活动的打靶训练中经常不能集中目标；这时杰尼龟走上前，狠狠踩了它们的尾巴，并向它们演示正确的方法。果然大家恢复了默契，最后一举在竞赛中取胜。杰尼龟军团在首领跟随小智之前一直是小镇的捣乱者，十分顽皮，它们偷东西，到处涂鸦，给人们制造大量的麻烦；但在小智救了它们的首领后，杰尼龟军团改变了它们的生存方式，和君莎一起组建了消防队。杰尼龟军团的其他队员都十分信服它们的首领，并且在没有首领在的情况下，办事效率会有所下降。小智的杰尼龟归队后，杰尼龟军团的消防灭火能力大幅提升。
随后，金字塔法老神代居然从树丛里现身了，他也收服了自己想要的宝可梦，凑齐了“三神柱”，下一步的目标也是有了方向；小智再次遇到了神代，再度挑战就在眼前，这次时间充足，神代提议4VS4的宝可梦对决。这是要有都偏心，可能也是因为小智已经请了大佬压阵，大木博士这个大忙人也已经在茴香谷呆了好久了。他们回到了宝可梦中心，比赛马上就要开始了，作为对战开拓区的负责人亚希达也出来刷了刷存在感；他首次透露，成功征服对战开拓区的挑战者将成为开拓头脑的候选人，并表示他就是对战开拓区的老板，这一套做下来，还是赢得了小胜的“刮目相看”，但这些好像还不太够。对决在对战金字塔的顶层展开，塔尖也是出于比赛要求被打开，就看神代赏不赏脸要上几个“三神柱”。
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