由于乘龙被人类欺负，个性变得胆小了，原来乘机还没有出生多久。
少年和小新几人交流了乘龙的事情，随后小新等人知道少年是一个精灵观察家，然后大家介绍了一下，原来少年叫做小建，小新几人决定把小乘龙送到父母的身边。就这样小新几人准备一起去旅行了。增加了一个新同伴小建。
很多来到精灵中心的训练家聊天中说到了南十字星，小新等人对这个不了解，在小建的口中知道了现在橘子群岛在准备橘子联盟大会，挑战道馆就收集徽章就可以挑战橘子联盟大会，小新和小智也想挑战橘子联盟大会，随后跟大木博士视频聊天后，小新几人准备开始挑战橘子大会了。
小建非常崇拜大木博士，刚好小乘龙清醒了。小新几人准备去看看小乘龙，看着戒备心很重的小乘龙，小智准备用唱歌感化它，突然唱歌的胖丁在一次出现了，开始唱着催眠神曲。
小新几人睡着后，胖丁很生气，在一次的在小新几人的脸上画起了符号，过了很久，睡的舒服的几人醒了，看着脸上的涂鸦，相互一笑，小智想要把小乘龙送回海里，小乘龙还是很认生，开始躲到了泳池的下面，小智脱了外衣和鞋子跳进了水中，想要说服小乘龙。
火箭队三人在一次捣乱，抓走了小乘龙，小新几人赶紧追击，火箭队三人组再次被击飞了，小乘龙获救了，小乘龙被小智感动了，最后小智收服了乘龙。
小新在精灵医院休息了一天，小智和小霞坐着乘龙，小新坐着暴鲤龙朝着有道馆的夏柑岛前进了。
在一阵的旅途，小新几人到了夏柑岛精灵医院，在检查了精灵的健康，顺便吃了可口的午饭，在和大木博士视频联络一番。小新几人朝着夏柑岛的道馆进发了。
在路上了解道馆训练家的名号和情况，小智战斗的心燃烧起来了。小新几人快速的来到了道馆门口。
小智看到了椰子，想要去喝，却中了道馆训练家的弟弟阿达的陷阱，小智被阿达嘲讽了，阿达想要和小智对战。这个时候道馆馆主出现了，自我介绍了一下接受了挑战。
原来橘子联盟的道馆是技能对决，小智有惊无险的拿到了道馆徽章，小新则是碾压级别的得到了徽章。
“原来小新是石英大会的冠军，怪不得有这么强大的实力。”道馆馆主说到。
“谢谢馆主对我的认可，我会好好加油的。”
小新在馆主和阿达，小建几人的赞叹的话语中过了一会，就这样小新一行人分别了道馆馆主。朝着下一个旅行出发了。
在夏柑岛精灵医院休息了一天小新等人，一大早吃了早餐朝着金柑岛前进了，在海洋里走了好久，终于到了金柑岛。
收回了乘龙，暴鲤龙，小新一些人踏上了金柑岛，小智的皮卡丘和小霞的波克比被控制了，然后攻击了小智等人，然后君沙小姐来了，在和小新等人交流后，原来有人控制超能力系的小精灵做坏事。幽灵系系的精灵则没有反应。
和大木博士视频联络一番，小新一行人和君沙小姐展开了调查，火箭队三人组和火箭队的亚玛多与小三郎展开了内斗，在武藏和小次郎的交流后，小新几人知道了，原来火箭队的亚玛多与小三郎操控索利普用催眠装置控制了精灵。
小新几人和君沙小姐与武藏，小次郎一起去救回被控制的精灵，在一番计划后，由武藏和小次郎带路，小新几人和君沙小姐随后来到了亚玛多与小三郎的地点。
小新放出了鬼斯，对着精灵使用催眠术，然后帮忙把索利普的装置打坏。君沙小姐带着精灵跑到一边，小新直接击败了亚玛多和小三郎，最后亚玛多和小三郎被抓了。就这样这次的事件结束了。
小新几人在君沙小姐和其他训练家的感激下，朝着新的岛屿出发了，走在阳光明媚，波光粼粼的大海上，小新几人在海里面捡到了一个瓶子。
小新几人查看了瓶子里面的纸条，纸条上说，有人看见砰柑岛上关于水晶大岩蛇的信息可以联系她。小新几人刚好到了砰柑岛，小新几人来到岛屿城镇，看到了很多漂亮的玻璃器皿，这个岛屿的工艺品很出名。
小新几人遇到了一个正在欺负小妹妹的少年，小新等人马上过去了解情况，在一番了解后，知道了眼前这个小妹妹就是写信的正美。正美带着小新一行人来到自己的家里，遇到了她的哥哥阿功，和阿功交流一会，明白了阿功做出来的精灵工艺品没有灵魂，阿功自己很不满意。阿功想要像他爷爷一样作出有灵魂的精灵玻璃制品。
阿功的爷爷见到了水晶大岩蛇，做出来的精灵玻璃制品栩栩如生，阿功也想要见到水晶大岩蛇，这样自己就可以制作成有灵魂的玻璃制品了。
小新等人答应了阿功的要求，带着阿功踏上寻找水晶大岩蛇的路程，在小建放出了自己毛球找到了石头制品的大岩蛇，可以不是，小建放出了另一只精灵玛丽露，在小新几人来到了岛屿边，发现了对面有另一个岛屿，阿功觉得还是自己这个岛屿，然后刚好退潮了，原来对面的岛屿和自己这个岛屿有一天连着的小路。
小新开心的朝着对面的岛屿前进了，中途火箭队捣蛋，在一次被小新击飞了，小新等人来到了岛屿的洞穴，在洞穴深处找到了一片湖泊，玛丽露跳到湖里面，然后在湖里面寻找了一番，遇到了水晶大岩蛇了，就这样，水晶大岩蛇出现在了小新一行人的面前。
小新收服水晶大岩蛇的决心膨胀起来了，阿功想要收服水晶大岩蛇，可是等级差异太大没有机会，但是阿功也得到了制作精灵玻璃器皿的灵魂力量了。小新先查看了水晶大岩蛇的数据。
精灵：水晶大岩蛇（变异）
性别：雄
资质：天王
特性：储水
等级：68级
属性：岩、地面、冰
技能：捆绑，击落，落石，撞击，咒语，愤怒，回旋球，扣打，噪音，急冻光线，暴风雪等
小新放出了快龙击败水晶大岩蛇，拿出精灵球收服了水晶大岩蛇。把喷火龙传送到生态园去。
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