家破人亡的惨痛，深深地影响着朱元璋的心境，使他仿佛跌进了无底深渊。这时，为了活命，朱元璋与他的二哥、大嫂和侄儿被迫分开，各自逃生。朱元璋实在走投无路之下，想起幼时曾经许愿舍身的皇觉寺，于是就去投奔了高彬和尚，在寺里剃度为僧，做了小行童。他在寺里每日扫地、上香、打钟击鼓、烧饭洗衣，整天忙得团团转，有时仍会受到老和尚的斥责。日子一长，朱元璋憋了一肚子气。一天，他扫地，被伽蓝神座绊了一下，于是他就顺手打了伽蓝神几扫帚。
还有一次，老和尚见大殿上的蜡烛让老鼠咬坏了，就当众训斥了朱元璋。朱元璋心想，伽蓝神连自己面前的东西都管不住，还怎么管殿宇？更害得自己受骂，越想越气。于是，朱元璋就找管笔，在伽蓝神的背后写了“发配三千里”几个字。这些都反映了朱元璋不甘于受压迫的性格。
可是，朱元璋做行童不久，寺里的粮食不够和尚们吃了，寺里也得不到施舍，主持高彬法师只好罢粥散僧，打发和尚们云游化缘。这样，朱元璋才做五十天行童，而且还不会念经、做佛事，但是没有办法，也只好扮成和尚的样子，离开寺院托钵流浪。这时朱元璋年仅17岁。
朱元璋边走边乞讨，他听人说哪里年景好就往哪里走，他从濠州向南到了合肥，然后折向西进入河南，到了固始、信阳，又往北走到汝州、陈州等地，东经鹿邑、亳州，于1347年又回到了皇觉寺。在这流浪的三年中，他走遍了淮西的名都大邑，接触了各地的风土人情，见了世面，开阔了眼界，积累了社会生活经验。艰苦的流浪生活铸就了朱元璋坚毅、果敢的性格，但也使他变得残忍、猜忌。这段生活对朱元璋的一生产生了深远的影响。
朱元璋在外云游的三年，也正是元末农民起义风起云涌的时期。社会上广泛流传着“明王出世，普度众生”的说法，北方的白莲教也在进行同样的宣传。朱元璋在流浪中，也接触到这样的宣传，他目睹国是日非、人民生活恶化的现状，意识到天下大乱很快就会来临了。于是在回到皇觉寺后，朱元璋发奋勤学，广交朋友，准备干出一番事业来。
1351年，白莲教首领韩山童、刘福通在颖州（今安徽阜阳）发动起义，并推韩山童为明王。同年八月，彭莹玉、徐寿辉在蕲水（今湖北浠水）起义。这些起义者用红巾裹头，故称红巾军。1352年，郭子兴和孙德崖在濠州起义。
朱元璋闻听起义的消息，不由心想，老在寺院里，随时可能被元官军抓走，性命难保。正在此时，朱元璋收到儿时伙伴汤和的信，汤和在信中邀请朱元璋参加郭子兴的义军。恰在此时，朱元璋的师兄秘密告诉他，说有人知道此信，要去告密。于是，朱元璋放下钵盂，赶紧去投奔郭子兴的红巾军。这一年，朱元璋25岁。
朱元璋入伍后，因为他作战勇敢，而且机智灵活、粗通文墨，很快得到郭子兴的赏识，于是郭子兴就把朱元璋调到帅府当差，任命为亲兵九夫长。朱元璋精明能干，处事得当，打仗时身先士卒，获得的战利品全部都上交郭子兴元帅，得了赏赐，又说功劳是大家的，就把赏赐分给大家。
不久，朱元璋在部队中的好名声传播开来。郭子兴也把他视作心腹知己，有重要事情总是和朱元璋商量。当时郭子兴有一养女，是其至交马公的女儿。马公死后，他最小的女儿便由郭子兴收养。此时，郭子兴见朱元璋是个人才，对自己的事业将会有很大的帮助。于是便把21岁的养女马氏嫁给了朱元璋，从此军中改称他为朱公子。有了身份，便不能再用从前的小名重八了，于是就另起了正式名字元璋，字国瑞。
当时，在濠州城中，红巾军有五个元帅。郭子兴一派，孙德崖与其他三个元帅一派，两派之间矛盾重重。这年九月，徐州红巾军主将芝麻李被元军杀害，其部将彭大和赵均用率兵到了濠州，彭大与郭子兴交好，而孙德崖等人则拉拢赵均用。在孙德崖的鼓动挑拨下，赵均用绑架了郭子兴，并将郭子兴弄到孙家毒打一顿，准备杀掉郭子兴。朱元璋闻讯后，在彭大的支持下，率兵救回了郭子兴。从此，两派结怨更深了。
朱元璋见濠州城诸将争权夺利，矛盾重重，决心依靠自己的力量，开创新局面。至正十五年（公元1355年）六月中旬，朱元璋回乡募兵，少年时的伙伴徐达、周德兴、郭英等和同村邻乡的熟人听说朱元璋做了红巾军的头目，纷纷前来投效。于是朱元璋很快就募兵七百多人，回到濠州，郭子兴十分高兴，就提升朱元璋做了镇抚。
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